L’Istituto è amministrato da un Consiglio di Amministrazione, composto da nove consiglieri, alle cui riunioni partecipano anche i tre membri del Collegio dei Revisori dei Conti.
Il Consiglio delinea le politiche generali di indirizzo e delibera in merito alla gestione del patrimonio immobiliare avvalendosi per questo del supporto, oltreché degli uffici dell’Istituto, del Servizio Tecnico Enti Ecclesiastici.
L’operatività dell’Istituto è affidata al Direttore che programma le attività ed organizza il personale a disposizione.